Modele de case duplex mici

Posted by | février 17, 2019 | Non classé | No Comments

L`analyse de réseau représente une alternative prometteuse dans de telles circonstances limitées de données [22 – 24]. Comme beaucoup de voies moléculaires dans l`EIA sont qualitativement bien décrites, les réseaux d`interaction peuvent être une approche appropriée pour caractériser l`EIA. Ces réseaux sont des représentations simplifiées des systèmes biologiques dans lesquels les composants du système tels que les gènes, les protéines ou les cellules sont représentés par des noeuds et les interactions entre eux par les arêtes [25]. Les modèles de réseau booléen, initialement introduits par Kauffman [26, 27], représentent les modèles dynamiques discrets les plus simples. Ces modèles supposent seulement deux États discrets pour les noeuds d`un réseau, ON ou OFF, correspondant aux valeurs logiques 1 (actif) ou 0 (non actif, mais pas nécessairement absent) [28]. Un modèle logique bien conçu pourrait générer des résultats prédictifs en raison d`un ensemble de conditions initiales. Des cadres qualitatifs et logiques ont émergé comme des approches pertinentes avec différentes applications, comme en témoigne un nombre croissant de modèles publiés [29]. En complément de ces applications, plusieurs groupes ont fourni diverses méthodes et outils pour soutenir la définition et l`analyse des modèles logiques, comme cela peut être vu par les récentes réalisations du Consortium pour les modèles et outils logiques (CoLoMoTo) dans la logique modélisation [30]. Il existe déjà plusieurs outils pour la modélisation booléenne des réseaux de régulation dans lesquels il est possible de définir des relations directes d`inhibition d`activation entre les composants du réseau, tels que BoolNet R [31] ou GINsim [32].

Plus récemment, le paquet R SPIDDOR (pharmacologie des systèmes pour le développement efficace de médicaments sur R), entre autres, a mis en place de nouveaux types d`interactions et de perturbations réglementaires dans le système, tels que les modulateurs positifs et négatifs et la les altérations du polymorphisme, qui conduisent à une dynamique plus riche entre les noeuds [28]. La robustesse peut être définie comme la capacité du système à fonctionner normalement sous des perturbations stochastiques [96]. L`investigation de la robustesse dans les réseaux booléens se concentre généralement sur la dépendance entre la robustesse et la connectivité réseau [97]. Nous avons effectué une analyse de perturbation dans notre modèle IBD pour étudier la robustesse en simulant l`effet du blocage unique de chaque nœud sur chaque autre nœud du réseau [51]. Cette simulation a été effectuée à l`aide de la fonction KO_matrix. f du paquet SPIDDOR avec 24 répétitions sur 999 itérations sous mise à jour asynchrone. En ce qui concerne la sélection d`entrée, comme on suppose que l`IBD est causée par la dysbiose intestinale, un environnement de différentes bactéries a été recréé en sélectionnant trois antigènes différents qui sont des composants de la plupart des bactéries Gram positif et Gram négatif. Par conséquent, lors de l`élaboration du modèle proposé, les hypothèses suivantes ont été formulées: Premièrement, il y a une exposition chronique aux antigènes bactériens: peptidoglycan (PGN), lipopolysaccharide (LPS) et muramyl dipeptide (MDP).

Le PGN est un composant de la paroi cellulaire de toutes les bactéries, mais en particulier des bactéries Gram-positives, le LPS est un composant de la membrane externe des bactéries Gram-négatives [37], et le MDP est un constituant des bactéries Gram-positives et Gram-négatives [38]. Tous trois suscitent des réponses immunitaires fortes et semblent jouer un rôle crucial dans le développement et la pathophysiologie de l`EIA, car on a émis l`hypothèse que l`apparition ou la rechute de l`EIA est déclenchée par un déséquilibre dans la composition de l`auto-microbiote que ne peut pas être contrôlée par le système immunitaire [39]. Le tableau 1 énumère les conditions initiales exprimées par le BF correspondant et montre que les noeuds représentant les antigènes sont exprimés chroniquement, à moins que les peptides antimicrobiens naturels perforine (perfor), granzyme b (granzb) ou défensines (def) ne deviennent actifs. Dans l`étude actuelle, nous présentons un modèle de réseau de pharmacologie (SP) pour IBD basé sur les cellules principales et les protéines impliquées dans la maladie.